Die modernen Arten

Die direkten Vorfahren der heute lebenden Pinguine entwickelten sich ungefähr vor 10 Millionen Jahren, am Ende der Miozän. Die erste heute noch rezente Art, die sich damals entwickelt haben dürfte, war der Zwergpinguin. Er stellt von den heute noch lebenden Arten die primitivste Art dar und hat sich seit dieser Zeit kaum verändert. Allerdings ging aus ihm keine andere Art hervor, weshalb er für sich allein die Gattung Eudyptula innehat. Kurz darauf spalten sich von dem Urpinguin der heute lebenden Arten, der fast die der Zwergpinguin ausgesehen haben dürfte, drei weitere Zweige ab. Aus dem ersten Zweig sind die drei Landschwanzpinguine hervorgegangen (Adélie-, Esels-, Zügelpinguin). Der zweite Zweig setzt sich aus den Gattungen Aptenodytes und Spheniscus zusammen, enthält also den gemeinsamen Vorfahren der recht nahe verwandten Arten Kaiser-, Königs-, Magellan-, Brillen-, Humboldt- und Galápagospinguin. Der dritte Zweig enthält die Pinguine der Gattung Eudyptes und Megadyptes, also den Gelbaugenpinguin, der sich von diesem Zweig sehr früh abspaltete, sowie alle Schopfpinguine. Die Schopfpinguine unterteilten sich vor ca. 5 Millionen Jahren in zwei große Gruppen, nämlich den Dickschnabel- und den Felsenpinguin einerseits und den Goldschopf-, Hauben-, Kronen- und Snaresinselpinguin andererseits.
Dabei fällt auf, dass sich die einzelnen Zweige in unterschiedlichen Breiten angesiedelt haben. Während sich die Schofpinguine (Eudyptes) im Bereich von 40 bis 60 Grad südlicher Breite niederließen, wo die Temperaturen meistens zwischen 6 und 20`C betragen, haben sich die Streifenpinguine (Spheniscus) im Bereich von 40 bis 0 Grad südlicher Breite verbreitet. Die Langschwanzpinguine (Pygoscelis) nisten noch weiter südlich. Es gibt allerdings leichte Überschneidungen je nach Meeresströmungen und Durchschnittstemperatur.